히비스서커스의 블로그

이 글은 병리 이미지 다루기 시리즈 글입니다. 병리 이미지 다루기 1 (feat. Stain Normalization), 병리 이미지 다루기 2 (feat. Microns Per Pixel), 병리 이미지 다루기 3 (feat. Multi Resolution Model) 총 3회에 걸쳐 제작 예정입니다. 이 시리즈는 모두의 연구소의 코크리 2기 회원으로서 작성한 글임을 밝힙니다. 코크리란 저번 글 병리 이미지 다루기 2 (feat. Microns Per Pixels) 편에서는 병리 데이터를 다룰 때 알아두어야 할 개념인 MPP(Microns Per Pixels)라는 개념과 FoV(Field Of View)라는 개념을 살펴보았습니다. 이번 병리 이미지 다루기 3 (feat. HookNet) 편에서는 이 개..

이 글은 2017년 NIPS에 등재된 Cost-Effective Active Learning for Melanoma Segmentation 논문을 읽고 정리한 글입니다. 0. Abstract 제한된 양의 medical image training labeled data를 semantic segmentation위한 CNN을 효과적으로 학습할 수 있는 novel Active Learning Framework를 제안함 Contribution pixel-wise uncertainty를 modeling하기 위해 test time에 dropout하여 Monte Carlo sampling을 적용한 실용적인 Cost-Effective Active Learning 접근 방법을 사용하였음 training의 performan..

이 글은 2019년 IEEE 저널에 실린 Region-Based Active Learning for Efficient Labeling in Semantic Segmentation 논문을 읽고 정리한 글입니다. 0. Abstract annotated dataset의 필요성은 증가하고 있으나 모든 픽셀을 annotation 하는 것은 방대하기에 비용이 많이 듦 ⇒ semantic segmentation task에서 region-based active learning 방법을 제안 train dataset에 대해 각 이미지의 10%만 annotation 하여서 train dataset를 annotation한 모델의 93.8%의 성능을 보임 transfer learning을 적용할 때에도 잘 작동하였음 (City..

이 글은 병리 이미지 다루기 시리즈 글입니다. 병리 이미지 다루기 1 (feat. Stain Normalization), 병리 이미지 다루기 2 (feat. Microns Per Pixel), 병리 이미지 다루기 3 (feat. Multi Resolution Model) 총 3회에 걸쳐 제작 예정입니다. 이 시리즈는 모두의 연구소의 코크리 2기 회원으로서 작성한 글임을 밝힙니다. 코크리란 저번 글 병리 이미지 다루기 1 (feat. Stain Normalization) 편에서는 병리 이미지 데이터를 얻는 과정에서 생기는 배치 효과나 스캐너의 차이로 인해 발생하는 색상의 차이를 stain normalization을 통해 극복할 수 있는 방법에 대해 살펴 보았습니다. 조금은 가볍게 다룬 감이 없지 않아 있다..

이 글은 병리 이미지 다루기 시리즈 글입니다. 병리 이미지 다루기 1 (feat. Stain Normalization), 병리 이미지 다루기 2 (feat. Microns Per Pixel), 병리 이미지 다루기 3 (feat. Multi Resolution Model) 총 3회에 걸쳐 제작 예정입니다. 이 시리즈는 모두의 연구소의 코크리 2기 회원으로서 작성한 글임을 밝힙니다. 코크리란 안녕하세요. 저는 병원에서 병리 이미지 데이터로 딥러닝과 머신러닝을 적용하여 여러 과제들을 수행하는 연구하고 있습니다. 연구를 수행하면서 느끼는 점은 딥러닝 지식과 머신러닝 지식도 매우 중요하지만 도메인 지식도 꼭 필요하다는 것입니다. 당연한 이야기 이지만 결국 도메인 지식이 데이터를 이해하는데 도움을 주고 결과의 해석..

※ CIAN: Cross-Image Affinity Net for Weakly Supervised Semantic Segmentation의 논문을 읽고 이해한대로 정리해본 글입니다. CIAN 논문은 풀잎스쿨 18기 WSSS 논문으로 입문하기에서 제가 발표를 맡았던 논문으로 아래에 첨부된 그림들 중 논문에 나와있지 않은 그림들은 제가 제작한 내용이니 사용 시 반드시 출처를 남겨주시기 바랍니다. 풀잎스쿨 18기 WSSS 논문으로 입문하기를 통해 같이 공부한 분들께 감사를 드립니다. 개인적인 생각 많은 WSSS의 방법들이 존재하였지만 한 이미지 안에서 클래스의 영역들을 어떻게 더 정확한 위치에서 정교하게 segmentation을 할 것인가에 대한 방법들이 많았다. 데이터셋 안에 있는 이미지 안에서 클래스들의 ..

정규화 방법으로 알려진 lasso에도 여러가지 방법이 존재한다. 그 중 lasso, group lasso, sparse group lasso 순으로 하나씩 살펴보자. lasso 일반적인 선형회귀식의 최소제곱법을 나타내보자. 샘플 수가 $n$, feature 수가 $p$일 때, response vector의 크기는 $n$ x $1$이고 feature들의 matrix는 $n$ x $p$, 회귀계수 벡터 $\beta$는 $p$ x $1$이 되어 다음과 같은 식으로 표기될 것이다. 이상적인 경우는 샘플 수 n이 feature 수 p 보다 충분히 큰 경우이다. 하지만 생물학 데이터의 경우는 p가 n보다 훨씬 더 큰 경우가 많아서 매우 곤란한 상황이 생긴다. 바로 차원의 저주(Curse of Dimensionali..

※ Seed, Expand and Constrain: Three Principles for Weakly-Supervised Image Segmentation의 논문을 읽고 이해한대로 정리해본 글입니다. 아래에 첨부된 그림들 중 논문에 나와있지 않은 그림들은 제가 제작한 내용이니 사용 시 반드시 출처를 남겨주시기 바랍니다. SEC 논문은 핵심 아이디어만 정리하였습니다. 풀잎스쿨 18기 WSSS 논문으로 입문하기를 통해 같이 공부한 분들께 감사를 드립니다. 개인적인 생각 지금까지 살펴보았던 AE(Adversarial Erasing)의 기법을 사용하지 않고 seed를 만들어 확장시키는 SRG(Seed Region Growing) 방식의 시발점이 되는 논문이라고 생각한다. 즉, AE의 AE-PSL논문이 SRG에..